Năm Long Khánh thứ 6 (1572), Minh Mục Tông băng hà. Thái tử Chu Dực Quân nối ngôi, lấy niên hiệu là Vạn Lịch (萬曆), tức Minh Thần Tông. Trần hoàng hậu được phong tôn hiệu là Nhân Thánh hoàng thái hậu (仁聖皇太后), ngự tại Từ Khánh cung (慈慶宮).

Năm Vạn Lịch thứ 6 (1578), Trần Thái hậu được thêm tự vào tôn hiệu là Nhân Thánh Trinh Ý hoàng thái hậu (仁聖貞懿皇太后). Năm thứ 10 (1582), tôn hiệu được thêm là Nhân Thánh Trinh Ý Khang Tĩnh hoàng thái hậu (仁聖貞懿康靜皇太后). Vạn Lịch Đế hiếu thuận chu đáo với Lưỡng cung Thái hậu.

Năm Vạn Lịch thứ 24 (1596), ngày 13 tháng 7 (âm lịch), Trần Thái hậu băng hà. Bà được an táng với thụy hiệu là Hiếu An Trinh Ý Cung Thuần Ôn Huệ Tá Thiên Hoằng Thánh hoàng hậu (孝安貞懿恭純溫惠佐天弘聖皇后), bà không có Đế thụy "Trang" của Minh Mục Tông do bà không phải nguyên phối thê tử, do vậy chỉ có Lý vương phi có Đế thụy. Bà được thờ tự tại 1 gian riêng ở Phụng Tiên điện.